Bis April 2010 soll Ashton den neuen Dienst organisiert haben. Parlament und Kommission auf der einen Seite und der Ministerrat auf der anderen Seite sind uneins, wo er angesiedelt werden soll. Das Parlament forderte im Oktober, den Dienst als Teil der EU-Kommission zu verankern. Damit würde es die Kontrolle über den Haushalt des neuen Dienstes erhalten.
Im Ministerrat besteht Konsens darüber, den Dienst als eigenständige Behörde einzurichten – mit eigenem Budget aus den Mitgliedstaaten, eigenen Dienstregeln und dem Rat als oberstem Dienstherrn. Über sein Tun werde dem Parlament Mitteilung gemacht; echten Einfluss hätte es allerdings nicht.
Umstritten ist im Ministerrat, welche Aufgaben der auswärtige Dienst künftig haben soll und welche bei der Kommission verbleiben sollen. Frankreich will den Bereich Verteidigung in der Kompetenz des Rats belassen, die britische und einige nordische Regierungen wollen sie dem auswärtigen Dienst zuschlagen.
Es sind lang anhaltende Auseinandersetzungen zu erwarten, weil Aufgaben und Zuständigkeiten des neuen „Hohen Vertreters für Sicherheit und Auswärtige Angelegenheiten“ im Lissabon-Vertrag nur sehr vage definiert sind. Zum einen ist er der vom Rat beauftragte „Außenminister“, der allerdings offiziell nicht so genannt werden soll. Zum anderen ist er aber auch stellvertretender Kommissionspräsident. Ihm soll der Apparat für Sicherheit des Ministerrats zugeordnet werden, einschließlich der Zuständigkeit für die militärischen Missionen der Europäischen Union. Dazu soll er alle Abteilungen der Kommission erhalten, die für die Außenpolitik der EU relevant sind – ausgenommen die Ressorts für Außenhandel und für die Erweiterungsverhandlungen.
Die Zuständigkeit für Entwicklungspolitik ist indes weiter offen: Die spanische, die italienische und die neue deutsche Regierung wollen die gesamte politische Kompetenz beim auswärtigen Dienst ansiedeln und der Kommission nur noch die administrative Umsetzung überlassen. Dieses Modell ähnelt der derzeitigen Regelung für das Amt für humanitäre Hilfe und Nothilfe (ECHO) . Bisher haben nur Großbritannien und die Niederlande diesem Vorschlag widersprochen.
Das neue auswärtige Amt der EU wird nach Schätzungen eine Behörde mit 6000 bis 7000 Beamten und einem eigenen Statut. Dazu gehören auch die 150 auswärtigen Delegationen der EU-Kommission, die Verbindungsbüros des Ministerrats (beispielsweise in Washington und bei den Vereinten Nationen) sowie die Sonderbeauftragten der EU wie zum Beispiel im Kosovo. Besetzt werden sollen die Posten mit Mitarbeitern der bestehenden Abteilungen der Kommission und des bisherigen „Hohen Vertreters“ beim Ministerrat, ergänzt mit Personal aus den Außenministerien der EU-Mitgliedsländer. Nichtstaatliche Organisationen haben Bedenken gegen eine Zuordnung der Entwicklungspolitik zu diesem mächtigen Apparat und womöglich sogar ganz zum EU-Ministerrat. Dies würde die völlige Unterordnung der Entwicklungspolitik unter die Vorgaben der Außenpolitik bedeuten, warnt beispielsweise EUROSTEP, das Netzwerk der nichtkonfessionellen Entwicklungsorgnisationen.